与 Atelier 系列不同，Mana Khemia 的背景设定在位于半空的学园内。在这里，玩者将在炼金术课堂中学习新的技能，并参与解决众多神秘现象和疑难问题的奇妙冒险。

玩者将透过“制作”技能和属性来个培养专属于您的角色，而不仅仅靠战斗来提升等级。制作技能和属性让玩者可以创造出独一无二的人物特色，比如善于召唤魔法的战士，或是擅长狙击的术士。